clic : sélectionner · clic droit : structures en profondeur · glisser : rotation · clic droit glissé : déplacer
Axiale
DGAP
Coronale
DGSI
Sagittale
APSI
Données—Outil pédagogique. Ne constitue pas un dispositif de diagnostic.
Atlas Médical 3D
Démarrage du moteur volumique…
Inventaire
Liste de référence des structures à couvrir, d'après la Terminologia Anatomica. Chaque ligne indique la source prévue pour sa géométrie 3D.
Charger des données d'imagerie
Par défaut, l'atlas affiche l'IRM de référence MNI152 (moyenne de nombreux sujets) avec plusieurs atlas publiés superposés. Vous pouvez aussi charger votre propre IRM et sa segmentation ; les fichiers restent dans votre navigateur.
IRM 7T ex vivo : Edlow BL, Mareyam A, Horn A et al. 7 Tesla MRI of the ex vivo human brain at 100 micron resolution. Sci Data 2019;6:244 ; données OpenNeuro ds002179 (CC0), version recalée MNI v2, ramenée à 500 µm.
Histologie BigBrain : Amunts K et al. BigBrain: an ultrahigh-resolution 3D human brain model. Science 2013;340:1472-5 ; recalage ICBM de Xiao Y et al., Bridging micro and macro (bioRxiv 561118, 2019) ; version sous-échantillonnée diffusée sous CC BY 4.0 (MNI, Forschungszentrum Jülich).
Passage des images ICBM 2009 vers l'espace de l'atlas (FSL) : transformation TemplateFlow MNI152NLin2009cAsym ↔ MNI152NLin6Asym (Ciric R et al. Nat Methods 2022). Images ré-échantillonnées à 0,5 mm ; les contours des structures restent à 1 mm.
IRM T1 et T2 haute définition, noyaux profonds : CIT168, Pauli WM, Nili AN, Tyszka JM. Sci Data 2018;5:180063 (données du Human Connectome Project, WU-Minn ; usage non commercial).
Noyaux du thalamus : Najdenovska E et al. Sci Data 2018;5:180270 (Zenodo 1405484, CC BY-SA 4.0).
Sous-cortical et gyri : atlas Harvard-Oxford (Harvard Center for Morphometric Analysis ; Makris et al. 2006, Frazier et al. 2005, Desikan et al. 2006, Goldstein et al. 2007), distribué avec FSL.
Gyri et sillons : Destrieux C, Fischl B, Dale A, Halgren E. NeuroImage 2010;53:1-15.
Aires de Brodmann : carte volumique dérivée de l'atlas de Talairach, frontières approximatives.
Cytoarchitecture et sous-régions : atlas histologique de Jülich, Eickhoff SB et al. NeuroImage 2005;25:1325-35.
Faisceaux : JHU ICBM-DTI-81, Mori S et al. NeuroImage 2008;40:570-82 ; Wakana S et al. 2007.
Cervelet : SUIT, Diedrichsen J et al. NeuroImage 2009;46:39-46.
3e et 4e ventricules, chiasma, télencéphale basal, diencéphale ventral, LCS : étiquettes Neuromorphometrics fournies avec SPM12 (données OASIS ; « provided by Neuromorphometrics, Inc. under academic subscription », CC BY-NC).
Territoires thalamiques : atlas de connectivité thalamique d'Oxford, Behrens TEJ et al. Nat Neurosci 2003.
Territoires artériels : d'après Tatu L et al. Neurology 1998, version volumique d'ExploreASL (CC BY 4.0).
Fibres de tractographie : atlas HCP-1065, Yeh FC. Nat Commun 2022;13:4933 (CC BY-SA 4.0).
Mise au format : neuroparc, Lawrence RM et al. Scientific Data 2021 (licence Apache 2.0 pour le dépôt).
Ces fichiers proviennent des dépôts publics neuroparc et ExploreASL. Les atlas distribués avec FSL et les étiquettes Neuromorphometrics sont réservés à un usage non commercial. Usage pédagogique gratuit : autorisé avec citation des sources ci-dessus. Deux corrections ont été appliquées aux tables de neuroparc (côtés droit et gauche du Harvard-Oxford sous-cortical, label 7 cortical = gyrus précentral), vérifiées par la position des structures.
Format JSON : {"labels":[{"value":17,"structure":"hippocampus","side":"G","name":"Left-Hippocampus"}]}. La clé structure relie le label à une fiche.
Gabarit IRM : MNI ICBM 2009c (licence libre avec attribution).
Segmentation d'une IRM T1 : SynthSeg (mri_synthseg) ou FreeSurfer recon-all, puis aseg.mgz converti en NIfTI.
IRM de test : BrainWeb (volumes simulés avec vérité terrain).